Prvi svešteni hram u Boževcu se pominje početkom XVIII veka u popisu koji je vršila Austrijska vlast 1718 godine kada su okupirali ove krajeve. To je bila mala Bogomolja (kapela) koja je bila smštena negde kod današnjeg starog igrališta.
U popisu se kaže da mesto ima 11 domova i kapelu sa sveštenikom, koja je bila u funkciji sve do podizanja i pustanja u rad sadašnje crkve 1896 godine. Sadašnja crkva je početa da se gradi 1892 godine a završena, osveštana i puštena u rad 1896 godine. Preduzimač za izgradnju je bio Milanče Stojićević a majstor Filip Faf iz Požarevca. Sveštenik za vreme podizanja crkve bio je Radenko Andjelković a predsednik opštine Boževačke bio je Živan Aleksić – Lenkin iz Boževca.
Ikonostas u crkvi je namešten meseca novembra 1896 godine pod rukovodstvom sveštenika Živana Sredojevića i preduzimača Stevana Stojimirović. Ikonostas je radjen u Rusiji preko firme „Marković i Pavlović“ krojača crkvenih odela iz Beograda. Ikonostas je prilog gradjana opštine Boževačke a najveći prilog dao je Antonije Bajloni industrijalac iz Malog Crnića. Crkva je počela služenje u drugoj polovini meseca novembra 1896 godine.
Godine 1905 crkva je zatvorena zbog naprslina koje su nastale zbog klizišta terena. Utezanje crkve je radio Milija Jović stolar iz Boževca i kada su radovi završeni crkva Sv. Tome nastavlja svoju duhovnu misiju. Za vreme rata 1915 godine početkom meseca oktobra bugarska vojska je opljačkala crkvu i iz ikonostasu izvadili ikonu „Tajna večera“. U crkvu su okupatori zatvarali gradjanstvo au crkvenoj kući bila je štala za komandirov kobilu. Crkvena slava je na dan Sv. Apostola Tome 18. oktobra po kome crkva i nosi ime.
